Logiciels libres et open source

Ce cours initie les étudiants à la science ouverte et à l’utilisation d’outils open source (Python, QGIS, GitHub, Biopython, Galaxy) pour analyser, visualiser et partager des données. Il met l’accent sur la collaboration, la reproductibilité et l’éthique scientifique, à travers un apprentissage pratique aboutissant à un mini-projet en open science.

Compétences visées
À la fin du cours, les étudiants sauront appliquer les principes de la science ouverte, utiliser des outils libres pour la recherche, collaborer via GitHub, analyser et visualiser des données avec Python et QGIS, et concevoir un projet scientifique reproductible.

 


Parasitologie, Mycologie et virologie médicales

Description du module PMVM

Parasitologie, Mycologie et Virologie médicales 


Présentation du module 

Semestre : S1
Intitulé de l’UE : UEF11 – Fondamentale 
Intitulé de la matière :  Parasitologie, Mycologie et Virologie médicales
Crédits : 6
Coefficient : 3
Formation : Master Microbiologie Appliquée

Objectifs de l’enseignement

Ce module vise à fournir aux étudiants les bases fondamentales de la microbiologie médicale, à travers l’étude de la Parasitologie  de la Mycologie  et de la Virologie.

Les objectifs principaux sont de :

  • Comprendre la relation hôte- pathogène aux niveaux populationnel, cellulaire et moléculaire.

  • Étudier les mécanismes de pathogénicité   et les variations antigéniques, les liens avec le système immunitaire.

  • Acquérir des connaissances sur les principales infections parasitaires  ,  fongiques et virales d’importance médicale.

  • Approfondir l’étude des  virus a forte morbidité dans la population (hépatites virales, VIH/SIDA, , etc.).

  • Développer des compétences en diagnostic biologique, prise en charge thérapeutique et  prévention des infections, notamment chez les patients immunodéprimés.

Prérequis recommandés

Les étudiants doivent disposer de connaissances de base  notamment en  :

  • Biologie cellulaire

  • Biochimie

  • Génétique

  • Biologie animale et végétale

Des notions en ,microbiologie générale, physiologie, physiopathologie et immunologie sont souhaitables, 


Communication

Méthodes Moléculaires et Métagénomiques

Description du cours

Le cours intitulé « Méthodes Moléculaires et Métagénomiques » s’intéresse aux technologies de pointe et aux méthodes d’analyses utilisées en biologie moléculaire et dans le domaine de la métagénomique. Il Permet de s’approprier les principes, les concepts et les outils pour l’analyse des génomes. Il concerne les méthodes moléculaires et métagénomique, en particulier la génomique structurale et fonctionnelle, les marqueurs moléculaires et leur utilisation ainsi que l’expression des gènes du génome. Il s’intéresse aussi à la science des Omiques, leur principe, outils et méthodes d’analyses bio-informatique.

Intitulé de l’UE : UEm11 : Méthodologique

Crédits : 4

Coefficients : 2

Prérequis

Avant d'entamer le cours de Méthodes Moléculaires et Métagénomiques, des connaissances préalables sont recommandées pour les prérequis suivant :

Biologie moléculaire, génétique, microbiologie, biologie cellulaire, Biochimie, biophysique, immunologie, chimie organique et minérale, immunologie, biologie animale et biologie végétale.

Objectifs

- Acquérir les notions de base en génomique et en métagénomique

- Comprendre les approches expérimentales à grande échelle fondées sur la biologie moléculaire et la chimie analytique

- Illustrer les différentes techniques utilisées en génomique et en métagénomique

- Comparer et explorer en profondeur les différentes méthodes de manipulation utilisée dans l’analyse génomique et métagénomique.

- Analyser le rôle des différentes approches utilisées pour chaque technique et évaluer l’efficacité d’une technique d’analyse, ces avantages et inconvénients.

Programme

I. Structure et dynamique des génomes

II. Marqueurs moléculaires et exemples d’utilisations

III. Génomique structurale et fonctionnelle

IV. Protéomique

V. Métabolomiques

VI. Métagénomiques

Méthodes d'Analyses Médicales

Méthodes d’analyses médicales est un cours qui initie les étudiants aux principales techniques utilisées en laboratoire de biologie médicale. Il met l’accent sur la compréhension des principes de chaque méthode d’analyse ainsi que sur la maîtrise des protocoles expérimentaux appliqués aux domaines de la biochimie, de l’hématologie, de l’immunologie et de la microbiologie. Ce cours permet aux étudiants de développer des compétences pratiques indispensables à la réalisation, à l’interprétation et à la validation des analyses, tout en respectant les exigences de qualité, de sécurité et de traçabilité en laboratoire.

Biosécurité et hygiène hospitalière

Pharmacologie et toxicologie

Bactériologie médicale

Unité Fondamentale

Crédits : 6 

Coefficients : 3


Objectifs 

Connaitre les différentes espèces bactériennes impliquées dans les pathologies infectieuses humaines et les techniques de diagnostic bactériologique


Prérequis  

Les notions de base de biochimie, immunologie et physiologie ainsi que de microbiologie générale. 


Programme

Le module est divisé en 4 grandes parties

  1. Rappels et Notions de bases de l'infectiologie
  2. Les maladies infectieuses et les bactéries incriminées
  3. Les méthodes de diagnostic bactériologique
  4. Les antibiotiques